Ormai ottantenne, di origine nuorese, è stato Procuratore della Repubblica presso il Tribunale di Cagliari dal 1990 al 1996; politicamente orientato a destra, ha tuttavia mostrato, da procuratore capo, una certa propensione a favorire i politici di sinistra al governo della Regione, in particolare – secondo quanto ricostruito da Luigi Lombardini in uno dei suoi memoriali – omettendo di svolgere adeguate istruttorie in relazione alle possibili irregolarità relative alle nomine dei managers delle Aziende Sanitarie Locali; il tutto con grosso favoritismo nei confronti della giunta di sinistra e in particolare del suo collega presidente Federico Palomba, che infatti manovrò, non riuscendoci, per far ottenere a Melis, una volta pensionato, l’incarico di Difensore Civico presso la Regione.

Da sempre nemico di Lombardini – in particolare in occasione del sequestro Furlanetto, allorché denunciò le interferenze indebite del collega nelle indagini – Franco Melis ha avuto una grossa parte anche nella <<fronda>> della Procura di Cagliari contro il Procuratore Generale Francesco Pintus, promuovendo la sottoscrizione da parte di quasi tutti i sostituti di un esposto contro il PG per varie asserite irregolarità che, di fatto, ne bloccheranno la nomina a Procuratore Generale di Milano; ciò fu molto gradito, sicuramente, anche da Francesco Saverio Borrelli e dai vari magistrati del Pool Mani Pulite, che difficilmente sarebbero andati d’accordo con un garantista come Pintus.
Nel 1998, pochi giorni dopo la morte di Luigi Lombardini, Franco Melis ha affermato in un’intervista all’UNIONE SARDA che un politico gli avrebbe confidato che gli imprenditori cagliaritani solevano effettuare consistenti versamenti di denaro a Lombardini per essere protetti dal rischio dei sequestri di persona; a un successivo processo per diffamazione intentato contro Antonangelo Liori – che gli aveva dato del bugiardo – Melis affermerà che il politico da lui citato era Emilio Floris, attuale capogruppo di Forza Italia in Consiglio Regionale, ma Floris smentirà recisamente; peraltro, sentito dal Tribunale di Palermo, Franco Melis ha di gran lunga ridimensionato il suo livore nei confronti di Lombardini, affermando addirittura che ne era amico, e che sarebbe entrato in urto con lui solo per la vicenda Furlanetto.